Марианна Р, давайте по порядку.
Цитата: Транспортные услуги не входят в поставку товара, покупатель нас попросил самим найти перевозчика и о готовности возмести эти расходы официально в письме. Но, при этом, просит отчет о проведении работ (я как поняла отчет комитента), копию ТН и копию акта выполненных работ перевозчика. При этом настойчиво указывает на то, что перевыставленная сумма транспортных расходов, должна быть"зеркально" отражена,то есть без НДС, как у перевозчика в акте.
Письмо заказчика не может подменять собой посреднический договор. Считаю, что в данном случае отчет может быть составлен в произвольном виде, с приложением документов. Без договора "перевыставлять" вы ничего не можете. У вас нет оснований.
Цитата: И вообще, должна ли быть эта счет-фактура от нас, если перевозчик без НДС. Будет ли достаточно отчета о выполненной работе, ТН (заверенный скан), акта выполненных работ от перевозчика (заверенный скан), то есть при раскрытых данных, как вы пишете.
Так как нет никакого договора о доставке между вами, то и реализации у вас нет. Оснований для выставления счета-фактуры нет. Если покупатель возместит транспортные расходы на основании акта, то на дату получения средств вы выпишете счет-фактуру в одном экземпляре, сверху накрутив на сумму возмещения НДС и отразив его в книге продаж. (письмо Минфина от 13.04.2016 № 03-07-09/21127
; пункт 18 Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (ред. от 01.02.2018) "О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость").
Принять к расходам сумму, предъявленную вам перевозчиком тоже нельзя.
Продавец доставляет товар покупателю силами сторонних перевозчиков: как оформлять счета-фактуры и применять вычет по НДС